Die heutige Kirche trägt die Jahrzahl 1607. Aus unterschiedlichen Quellen weiss man, dass in Kallnach schon früher eine Kirche gestanden haben muss, wo genau, weiss man bis heute nicht. Ein gewisser Gottfried von Oltigen vergabte im Jahr 1230 den Kirchensatz von Kallnach dem Bistum Lausanne. Die Pfarrkirchen sind oft von adligen Familien gestiftet worden. Die Adligen stifteten den sogenannten Kirchensatz, der drei Dinge umfasste: Ein Vermögen, aus dem der Pfarrer seinen Lebensunterhalt bestreiten konnte, ein Grundeigentum, das zum Unterhalt der Kirche diente und das Recht, den Pfarrer zu wählen.

1530, also unmittelbar nach der Reformation, ist Kallnach kirchlich selbständig geworden. Es existiert ein Verzeichnis der Pfarrer, die alle in Kallnach gewirkt haben. Dieses beginnt mit dem Jahr 1530.

Der Chor der Kirche Kallnach gehörte früher dem Staat Bern. Damit die Kirchgemeinde den Chor kaufen konnte, verkaufte sie 1889 die alten Chorfenster aus dem Jahr 1627 dem Schweizerischen Nationalmuseum zum Preis von 2000.- Fr.

Daraufhin erstand die Kirchgemeinde die beiden jetzigen Chorfenster: der sinkende Petrus und
die Rückkehr des verlorenen Sohnes. Anlässlich der Renovation von 1949/50 wurde versucht, die verkauften Glasfenster zurückzuerwerben. Aber ohne Erfolg. Die alten Chorfenster können als grossformatige Bilder in der Schürstube bestaunt werden.